تنقسم عملية التدقيق إلى 3 خطوات، ويتشارك فيها المدقق مع المؤلف. فضلاً عن ذلك، يمكن للمدقق تعديل البيانات الوصفية للمؤلَّف في أي وقت عبر النقر على (تنقيح البيانات الوصفية).

الخطوة 1
في الخطوة الأولى ينقر المدقق على اسم الملف لتنزيله من الموقع وفتحه. يباشر المدقق مراجعة النص متبعاً المعايير القياسية للتدقيق التي تعمل بها المجلة. (يمكن تخصيصها بالكامل حسب رؤية المجلة خلال مرحلة التهيئة، الخطوة 4.5.)

إضافة لذلك، يمكن للمدقق متابعة أي تعديلات مقترحة أو تصحيحات مع أي استفسارات موجهة للمؤلف و/أو محرر القسم عبر النقر على إيقونة ملاحظات التدقيق. عند إكمال الدقيق الأولي، يحفظ المدقق الملف في حاسبته، ثم يرفعه إلى الموقع للخطوة القادمة والتي هي مخصصة للمؤلف.

بمجرد رفع الملف المدقق، ينقر المدقق على إيقونة البريد الالكتروني تحت (إكمال) للخطوة 1. هذا سيقوده إلى رسالة محضرة معنونة للمؤلف ولمحرر القسم يعلمهما فيها بأن الخطوة 1 قد أُنجزت. على المدقق أن يورد في رسالته ما إذا كانت هناك أي استعلامات تخص المؤلف و/أو المحرر ينبغي أخذها بنظر الاعتبار.

الخطوة 2
يمكن للمؤلف الآن الدخول إلى الموقع والوصول إلى الملف من طابور طلبات القديم (المتوضع تحت صفحة المستخدم الرئيسية). ينزل المؤلف ذلك الملف ويفتحه في حاسوبه ليطلع على تأشيرات التدقيق فيه، ويجيب على الاستفسارات (إن وجدت) على نفس الملف. يحفظ المؤلف الملف ثم يرفعه إلى الخطوة 2 في الموقع، ليكون متاحاً للمدقق حتى يُكمل المرحلة النهائية للتدقيق. يستجيب المحرر لأي استفسارات عبر البريد الالكتروني ليضمن عدم قيام المؤلف أو محرر القسم برفع ملفات ينسخ بعضها بعضاً في الموقع. يرسل المؤلف رسالة إكمال إلى المدقق وإلى محرر القسم ليتم الشروع عملياً بالخطوة الثالثة. للمزيد من المعلومات عن عملية التدقيق من جهة المؤلف، أنظر دور المؤلف: التدقيق.

الخطوة 3
ينزل المدقق الملف المنتهي من الخطوة 2 إلى حاسبته ويفتحه، ثم يعمد إلى إنشاء نسخة نظيفة (بحيث يزيل كل آثار عملية التدقيق) اعتماداً على إجابات المؤلف ومحرر القسم، لتكون تلك النسخة حاضرة للمصمم الطباعي ليباشر عمله. يرفع المدقق النسخة النظيفة إلى الخطوة 3، والتي ستصير نسخة المصمم الطباعي، ثم يستعمل إيقونة البريد الالكتروني تحت (إكمال) لإشعار المصمم الطباعي ومحرر القسم بأن عملية التدقيق قد أُنجزت بالكامل.