رئيس تحرير المجلة بإمكانه إنشاء أقسام متعددة فيها عبر صفحة إدارة المجلة. قد تتضمن المجلة عادة هكذا أقسام، مثل: المقالات، نقد الكتب العلمية، ملاحظات بحثية، تطبيقات سريرية، تعليقات، مراجعات... إلخ.

لو تم استعمال أقسام للمجلة، يمكن لرئيس التحرير إناطة بعض المحررين لتولي مهمة التحرير لكل من تلك الأقسام عبر متابعة طلبات النشر المتوضعة في كل قسم. (يقوم المحرر أو مدير التحرير بتعيين تلك الطلبات المؤشرة على أنها غير معينة ضمن طابورها لأحد محرري الأقسام كجزء من عملية التحرير).

يمكن لأقسام المجلة أن تكون ذات تنسيق أو طابع نشر خاص لكل منها. سيكون جدول محتويات إصدارات المجلة مبوباً على أساس تلك الأقسام، وهذا الجدول يضم الفقرات المنشورة في إصدار معين من المجلة ويتم تنظيمه من قبل مدير التحرير، مع ذلك، لو كان أحد أقسام المجلة خالياً من أي مؤلَّفات، فإنه لن يظهر ضمن جدول المحتويات.

إنشاء سياسة القسم. عند تهيئة القسم، على رئيس تحرير المجلة إدخال موجز يوضح فيه أبرز ملامح سياسة عمل ذلك القسم، والتي ستكون متاحة للقراء والمؤلفين ضمن صفحة (عن المجلة) في باب (سياسات الأقسام). ذلك الموجز يصف مجال عمل القسم ونوعية المؤلفات التي يُعنى بها. كما ينبغي أن يتضمن الإشارة إلى خضوع تلك المؤلفات إلى التحكيم المناظر أو لا، وكذلك موقفها من حيث الفهرسة وإتاحة الوصول المفتوح أو المقيد، وحجم المؤلفات فيه وحجم ملخصاتها... إلخ.

تحديد نموذج التحكيم. يمكن لرئيس تحرير المجلة تخصيص نموذج تحكيم لاستعماله بديلاً عن نموذج التحكيم الإفتراضي القائم على مجموعة من خانات الإدخال بشكل مربعات نص. النموذج المحدد هنا سيكون نموذج التحكيم الإفتراضي، غير أن المحرر سيكون بإمكانه تخطيه لمحكم معين لو أراد ذلك.

فهرسة محتوى القسم. لا بد من فهرسة فقرات القسم إذا كانت عملاً أدبياً (قد لا تكون له هذه الصفة، على سبيل المثال، في قسم مخصص لإعلانات المؤتمرات أو ملاحظات التوظيف). إن خيار الفهرسة سيمكن المؤلفين من إدخال البيانات الوصفية ذات الصلة لفهرسة المؤلفات التي يقدمونها للنشر. تلك البيانات الوصفية ستكون متاحة لمحركات البحث التي تتقيد ببروتوكول مبادرة حصاد البيانات الوصفية للمحفوظات المفتوحة ولخدمات الفهرسة الأخرى بمجرد نشر تلك المؤلفات. المؤلفات المتوضعة في الأقسام المفهرسة ستجعل أسماء مؤلفيها متاحة ضمن قائمة المؤلفين في صفحة البحث وستكون مرفقة بأدوات القراءة التي يختارها رئيس التحرير لمجلته.

تمكين الملخصات أو تعطيلها. بعض الأقسام، مثل نقد الكتب لن تتطلب ملخصات؛ هذا الخيار يمكن رئيس التحرير من تعطيل المطالبة بالملخص في ذلك القسم. وعند ذلك، سيكون الملخص غير مطلوب من المؤلف خلال عملية التقديم، ولا معروضاً في جدول المحتويات.

ضبط رموز الفقرات التعريفية. عند تقديم البيانات الوصفية للقراء أو لأنظمة خارجية (مثلما يحصل عند الحاصود OAI)، ينبغي لنوع المؤلَّف أن يكون معرفاً. مثلاً: يمكن لفقرة ما أن تكون مقالة محكمة، أو مقالة غير محكمة، مقالة مستضافة... إلخ.

تقييد الوصول إلى محتوى القسم. ينبغي تأشير خانة تقييد الوصول لبعض أقسام المجلة (كتلك الخاصة بالمحررين أو المقابلات) التي لا تكون متاحة لاستلام طلبات النشر من المؤلفين بشكل غير مقيد. طلبات النشر المقيدة ينبغي أن تكون عبر المحررين أو عبر الدعوة لها. هكذا قسم يسمح للمؤلفين المسجلين بصفة محررين أو محرري أقسام فقط بالتقديم إليها.

إخفاء عنوان القسم من قائمة جدول المحتويات. قد يُرغب في جذب المؤلفات للنشر في قسم معين و/أو تجميع المؤلفات في قسم معين لكن إخفاء تسمية ذلك القسم عن أعين القراء.

عن القسم. قد ترغب في إخفاء معلومات هذا القسم من صفحة (عن المجلة). هذا الأمر مفيد أحياناً، على سبيل المثال، إذا كان عندك قسم في المجلة ينشر المؤلفات نادراً أو قسماً مخصصاً للأخطاء المطبعية أو ما شابه.